Sistem za elektroforezu se sastoji od dvije glavne komponente: napajanja i komore za elektroforezu. Napajanje napaja struju. "Snaga" je u ovom slučaju električna energija. Električna energija koja dolazi iz napajanja teče, u jednom smjeru, od jednog kraja komore za elektroforezu do drugog. Katoda i anoda komore su ono što privlači suprotno nabijene čestice.
Unutar komore za elektroforezu nalazi se tacni - tačnije, posuda za livenje. Posuda za livenje se sastoji od sledećih delova: staklene ploče koja ide na dno posude za livenje. Gel se drži u posudi za livenje. "Češalj" liči na njegovo ime. Češalj se postavlja u proreze sa strane posude za livenje. Stavlja se u utore PRE nego što se sipa vrući, rastopljeni gel. Nakon što se gel stvrdne, češalj se vadi. "Zubi" češlja ostavljaju male rupice u gelu koje nazivamo "bunarićima". Bunari se prave kada se vrući, otopljeni gel stvrdne oko zubaca češlja. Češalj se izvlači nakon što se gel ohladi, ostavljajući udubine. Bunari pružaju mjesto za stavljanje čestica koje želite testirati. Osoba mora biti vrlo oprezna da ne poremeti gel prilikom punjenja čestica. Pucanje ili lomljenje gela će vjerovatno uticati na vaše rezultate.